Пирин (Благоевград) U19 е отбор от юношеската школа на клуба, състезаващ се в Елитната юношеска група до 19 години. Отборът е сформиран през 2015 година и през първите два сезона е воден от старши треньора Кирил Чакъров. От лятото на 2017 година тимът е поверен на специалиста в юношеския футбол Иво Тренчев. През сезон 2017/18 отборът на Пирин (Благоевград) U19 печели първото място в Елитната юношеска група до 19 години след драматична победа с 4:3 над ЦСКА (София) в последния кръг. Така юношите на Пирин записват историческо постижение, като за първи път печелят шампионската титла в тази възраст. В състава на отбора личат имената на талантливи футболисти като Ангел Максимов, Велислав Божинов, Георги Георгиев и Благой Наков, които вече са част от мъжкия представителен отбор на Пирин (Благоевград).